在位期间为了大力展人族，同时也为了完成了自己作为五帝之一的职责，可谓殚精竭虑。可惜舜即将退位的时候，一场滔天水灾席卷而来。
人族大兴，成为天地之间的主角，妖族终于有所行动，几位想恢复妖族昔日荣光的妖圣一起发动了洪水，准备一举消灭人族，让妖族成为洪荒的主人。
舜心忧水患，为了尽早的治理水患，舜布昭告，谁能治理水患就可以继任下位人族共主。可是这场水患实在太大了天下能治理水患的人不多，告示布许久之后也不见有人前来。
无人治理水患，这让舜也很是担忧起。最后，舜只好命令在司空一职上专职治理水土的鲧前去治水。
虽然自己对于治理这场滔天水患也是毫无头绪，但舜帝的命令是不能违抗的，鲧在接到舜的命令之后，还是硬着头皮前去治水。
这个时候，在洪荒之中负责传下阐教道统的广成子等十二金仙也是接到了原始天尊的命令，前来相助鲧治理水患。
可鲧只知道将水堵住，却也不懂得疏通的道理。在阐教十二金仙的相助之下，鲧从人族圣母女娲娘娘那里求得了女娲当年造人所剩的九天息壤。
鲧将这息壤当作治水之物，每到一处水患之地就把这息壤丢下。九天息壤乃是先天之土，在一接触到大地之后，体积立马变大起来，将水堵截了起来。
就这样过了九年，鲧依然未能将水患制服。而且水患还因为鲧的堵截之法而更加惨烈。
舜巡视天下，现鲧用堵截的办法治水，不但一点成绩也没有，反而将水患搞的更大。舜一怒之下，下令将鲧处死在了羽山之上。
阐教十二金仙相助鲧治水，见到如此情景，也不好再继续呆在人族，只好一个个都返回了自己的洞府。
昊天在天上静修，看到一股怨气冲天而来。昊天祭出昊天镜一看，却是鲧因治水失败，被舜下令处死，死后尸体放在羽山三年不腐烂，一股怨魂不散。
昊天一算，该是大禹出世的时候，这天驾云来到了羽山鲧尸体旁边。取出皇极剑一指，这时小孩就从鲧尸体里飞了出来，而鲧的尸体则化为黄龙，朝昊天点点头，向东飞走了。皇极剑是昊天从冥河手中夺得了‘阿鼻’宝剑，自己炼化而成。
昊天就把这小孩取名为“禹”。后禹治水成功，功德巍峨，后人尊称为“大禹”。昊天在前世就对大禹治水很是佩服，这次准备尽力助他治水成功。
昊天就留在羽山，收大禹为徒，教授大禹道家秘传心法。又把河图洛书交给大禹参悟治水之道。大禹通过河图洛水的推算，终于知道需要靠疏导和围堵两个方法的结合才能治理好洪水。
在处死了鲧之后，舜又继续征召人才前去治水。但是几经努力，都不见成功，并且天下的洪水灾害比以前更为严重，舜心忧百姓受苦，真是在一筹莫展之处。这个时候，有人向舜举荐鲧的儿子大禹。说大禹比其父更加又能，而且大禹还拥有鲧治水的经验，虽说鲧治水无功，但好歹经验也要比别人强。
舜想了想，也觉得只有这样了，便又下令让大禹去治水，完成鲧未完成的使命。
大禹在接到了舜的命令之后，回到羽山见过昊天，问道：“老师，一切果然被你言中。我父治水失败，洪水在危害人族。舜帝现在也一筹莫展，又让我前去治水。老师，请你告诉弟子，我到底该怎么办啊？”
“洪水正在肆孽天下，你应该去完成你父亲未完成的事业，拯救万民于水火之中。你父亲鲧之事，为师已经尽知，治水失败并不能全怪他，而且他也是全心全意为人族而奔波，为师自当多方奔走，为之正名；你只管安心治水，为师自当还你一个公道便是。”
禹称谢不已，然后说道：“老师，如今洪荒妖孽精怪兴风作浪，如不制止他们，弟子却是无法安心治水。”
昊天自然知道禹说的是实情，说道：“天庭将派人来帮你治水，那些小妖自有他们收拾，你只管安心治水即可。”
“有劳老师了。但是这治水一事工程浩大，弟子若是以后遇到难处，还望老师多加相助啊！”大禹道。
“这个自然，我既是你师，自然会帮助你的。去吧，不要再耽误了！”
昊天又给了大禹几件宝物分别是开山斧，定海神针，避水剑。
于是，大禹带上了昊天留给自己的三件宝物就前去上任治水了。
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