在超远古中存在着两大地神族和异族，两地有如对照镜子般状态构造出奇妙的世界。两个世界之间被一道称为斯匹奥界面的半透明结界所隔绝。自从4000年前的光极战争以来，双方的交往变得完全断绝状态。而陈博涵，沈培尔，还有魏忠珩等人前去神族和异族探寻精灵石之谜。
神族王国边境的尽处有一条名叫修拿安的村子。村内住了一名从不喜欢干涉别人的事，更讨厌被干涉，只相信一切顺其自然便可的少年陈博涵，他正前往村的瞭望台，路途上发觉天空出现怪异的现象，来到瞭望台后发觉青梅竹马的好朋友沈培尔已身处台上。接着二人倾谈起来，由于最近农田上的工作忙碌，沈培尔已甚少到此处，而陈博涵因为自小已很喜欢这里，所以每天仍到这里走一趟。
谈话间陈博涵取笑沈培尔今天到来偷懒，然而真正到来的原因是为了查看天空突然出现的奇怪现象，似乎快将有事情发生，沈培尔想到会否从异族那边有东西掉下来呢！而陈博涵想到假如真的如沈培尔所讲一样的话，不幸的事情便会发生。就在这时，沈培尔发现天空有一发光物出现，更以难以想象的速度直冲落地面，二人已没有考虑的时间，只好用最快的速度跳跑。随着巨大声响过后一切终于安静下来，性格较为行动派的沈培尔急不及待走往坠落地查看，陈博涵眼看无法阻止之下只好跟随其后前去。
沿着小路而行，途中发现绿色水晶，以此处为中心，四周连接着很多小路。陈博涵走进绿色水晶右上方的小路，在路上遇到一只外型奇特的小动物，它的神情似是希望陈博涵跟随其后而去，前行不远来到坠落地位置，亦终于找到沈培尔，而她身边坐着一名陌生的少女。调查少女身后的破烂机器，陈博涵接着查问她的身份，可是少女的回答却是一种完全听不懂的语言。
原来沈培尔同样因为不明白她的说话而正烦恼着，由于巨大机器似是快要爆炸，于是陈博涵立即带同众人离开，在陈博涵抱起神秘少女的一刹那，二人身上发出一道光芒，然而由于情况紧急，没有空余时间给陈博涵细想。爆炸不一会便静止过来，就在陈博涵查看各人的情况时，少女身上再次发出如彩虹色的光线，回复清醒后，少女惊慌至紧紧拥抱着陈博涵，二人再一次的身体接触，光线又再出现，可惜至此仍是不明少女的说话。虽然未知少女的身份，但陈博涵已决心帮助她，可惜还未想到较佳的办法。
在修拿安村里，陈博涵等人带着神秘少女来到村长家中，村长武兰卡了解全部事情后，不过为着村庄的安全，他不同意留这神秘少女在这里。这时少女身边的小动物似乎有所发现，它走到屋子的另一边，不一会，该位置附近的墙壁被强大力量破坏，一名穿着特别服饰的男子从墙壁缺口走进来，神秘少女上前跟对方交谈，想不到男子竟同样说着那种听不懂的方言，二人谈话期间，男子将少女推倒地上，看见这情况陈博涵走上前阻止，由于无法沟通之下，众人只好使用武力解决。
神秘男子被击倒后便立即离去，陈博涵和沈培尔清楚知道刚才的男子是冲着神秘少女而来。在众人谈话期间，村长突然面色一沉，接着更说陈博涵等人将灾难带到村庄来，他决意将神秘少女赶离此处，一时之间众人争执起来，最终沈培尔带同神秘少女步出村长家，陈博涵随后亦跟着离开。来到沈培尔的家中，她让神秘少女换上自己的一套衣服，这样即使离开村庄亦不会过分吸引别人的注意。其次首先要寻找懂得少女语言的人，这时沈培尔想起了一个人魏忠珩。
在陈博涵记忆中的魏忠珩只是一名爱哭鬼，但沈培尔告知此刻的魏忠珩已经是斯密大学的学士，以现时魏忠珩的智识，或许会懂得神秘少女的方言。沈培尔更换完衣服后，便准备带同神秘少女启程向目的地学问之城斯密出发。但少女却躲到陈博涵的身后，奇怪的光芒又再从二人身上发出，沈培尔明白道少女不想离开陈博涵的身边，此情况下陈博涵只好陪同她们一起前往。
离开修拿安村向南面前行，在越过河川上的木桥时一行人倾谈起来，沈培尔这时记起还未向神秘少女作自我介绍，沈培尔和陈博涵分别说出自己的名字，跟着神秘少女似是明白二人的意思，回应了一个名字迪美露，而小动物的名字是奇域古。
众人越过木桥后，途中经过古力殊鲁道场。（由于较后时间会再到这里来，所以暂时可以不加理会。）继续往南面前行越过修拿安河栈桥后，发觉前行的道路被山泥所覆盖，而前去斯密的通道就只有这处，既然未能想出解决的方法，陈博涵提议在附近找地方休息一晚。
可是一向没有耐性的沈培尔并不赞成，她认为即使道路被阻，亦有信心跨越过。就在此时，天空中出现奇异的破裂现象，浮在斯匹奥界面上的黑球体有不寻常的反应，令原本已平伏的山泥再次倾泻，似乎已没有可能继续前进。在场的修理道路工人提议陈博涵等人一起前去他们的道场，也许从师匠口中能打听到其他前往斯密的方法。结果一行人依照修理工人的意见向着古力殊鲁道场进发，回到修拿安河栈桥时众人停下脚步，沈培尔和陈博涵再次为了迪美露的身份交谈着，可惜即使二人向迪美露发出多少问题，得来的答案始终听不懂。后来，迪美露拥抱着陈博涵时光芒又再出现，到底这种光芒代表什么呢？
离开修拿安河栈桥前行不远便来到古力殊鲁道场，沈培尔似乎对这里的环境非常熟悉，沿着中央最大梯级直上大道场，进入大声叫喊也没有人回应。突然，陈博涵被数名武者所包围，进行了一场强迫性的交战。
今次战斗的对手是一群武术家，对手分成两组从左右攻击，虽然人数众多，但攻击力却不算强，只见陈博涵击中攻击一边的敌人，很快就把一群武术家打倒了。
将武者们击倒后，武者们立即逃得无影无踪，跟着一名男子出现，从他的口中得知，原来刚才武者们的袭击，是进入大道场学艺的考验。后来沈培尔突然唤男子的名字兰富高，原来二人早已认识，兰富高吩咐沈培尔等人前往他的房间内倾谈。来到大厅后方发现兰富高已在房间门外等候，进入房间内倾谈后得知迪美露的事情，兰富高对沈培尔说只要向着自己相信的路前进便可，说罢他传授一种旅途中非常有用的治愈功给沈培尔。
在众人谈话期间，突然一名少年急急走进来，此人名叫奥巴罗，是兰富高吩咐他到来，原来全道场中只有奥巴罗懂得使用水之精灵术，兰富高就是希望他运用精灵术传协助陈博涵等人到斯密去，交托好一切后兰富高前往练习武术去。跟随奥巴罗来到最右边的房间，他告知陈博涵等人一个可行的办法，就是利用修拿安河前去斯密，虽然河水相当急窜，不过只要借助水之精灵的力量便可安全到达。之后更向各人解释有关精灵的事，原来所谓精灵并非物体或生物，精灵寄存于万物之中并产生出各种现象，包括火、风、水、光等等。而只需拥有名叫精灵之王的精灵石，将精灵之王装入精灵石再经过训练后，任何人也可运用精灵的力量，说罢奥巴罗先行前去修拿安河的栈桥等待。
抵达修拿安河栈桥与奥巴罗会合后，他开始念起咒语向精灵借助力量将水流的速度减弱，当迪美露听到咒语的时候，产生了很大的反应，似乎咒语的发音方式跟她语言颇接近。不一会，河水的流动速度果然减弱了，答谢奥巴罗的帮忙后，一行人便乘坐木筏沿着河水面下。
一行人乘坐木筏顺着水流而下，上岸后继续沿着河川往东南而前行，不久便抵达学问之城——斯密。进入城内发现所有居民的衣服打扮完全一样，陈博涵开始担心从这群外貌一模一样的人当中能否顺利辨认出魏忠珩，不管怎样也好，决定先到斯密大学查看。在城内查看过后从左边的路前行到达斯密大学，向接待处的人说出魏忠珩的名字，翻查记录册后终于找到魏忠珩的资料，学生编号43046，魏忠珩，光晶灵研究室所属。这时迪美露突然跳上接待处的台上，令众人亦大吃一惊，陈博涵马上将她及其余的人带离该处。
进入后方发现楼梯旁的房间就是光晶灵研究室，沈培尔吩咐迪美露留在门外之后与陈博涵进入研究室内，室内各人的面上表现出非常紧张的神情，似乎正在进行一项很重要的实验。接着众人向房间后方的学员询问魏忠珩的事情，这位学员名叫古山，原来筒夹与魏忠珩同样是助手身份，众人正倾谈得入神之时，迪美露无声无息地走进来，接着从她的身上不知发出了什么力量，竟然令研究室内的仪器完全失灵，随后更发生强烈的爆炸。
后来一名老人走进来，从古山的口中得知老人是拉嘉路学部长，他正要追究引致爆炸发生的人，后来更命令古山将陈博涵等人赶出大学外。将一行人带到另一课室内，他问及有关迪美露刚才说出迪美司历语，接着更解释说晶灵术士们所用的咒文，全部也是用这种迪美司历语古代语所写成，他在大学时也曾学习过少许，可惜以普通的晶灵术士而言，要完全明白这种语言的意思，似乎是不可能的事。其后古山更怀疑迪美露的身份就是宫廷晶灵术士。
似乎一切只好等待与魏忠珩会面后才可得出答案，再问及魏忠珩此刻的身处位置时，古山亦坦白说出魏忠珩在岩山观测所，而所谓的岩山就是位于斯密城西南面的山脉。明白后陈博涵等便准备启程，临行前的一刹那，沈培尔才记起询问魏忠珩不在大学的原因，古山告知魏忠珩正接受休学的处分，由于魏忠珩提倡一种称为连锁的世界崩坏假说学说，由拉嘉路学部长开始，一时之间全大学的所有人亦变成他的敌人，到底这种学说内容是怎样的呢，只有找到魏忠珩本人便会知晓。顺带一提，从这时开始迪美露得到了晶灵术士这称号。
离开大学后返回图书馆前的分岔路，进入右边的街道，在尽头的运动场入口前会遇到两名学生，两名学生离去后，陈博涵等人走到上方的运动场，场中遇到的两名少女提议陈博涵等人进行名叫测试的游戏。