在亚斯丁港乘坐亚迪爱版号启程往泥巴路城，来到晶灵炮位置时发现神族军正被魔物袭击，而当中魔物首领竟是迪亚希所化身而成，想不到他仍然生存着。夹在双方中安洛变得不知所措，他个将迪亚希误以为是泥巴路。其后陈博涵等人便与他展开一场激战，及后成功将他击倒后，迪亚希化成一团黑烟消失掉。接着斯洛家里前来向安洛传达斯尼的说话，内容只有一句，司大武.佩拜托你了。由于安洛听不懂异族人的说话，便由魏忠珩来替他翻译，及后斯洛家里更请求安洛协助令两大陆得到和平。
返回卡西鲁斯军巢穴举行会议，得到斯洛家里的邀请，神族立王天文台的台长莫斯左亦前来参加，国王更把交涉权给予安洛。那爱随后宣读两军联手守护亚尼大爱世界的誓约书，接着便由斯洛家里和魏忠珩解释陆基斯最终作战计划。方法是集合两地的科技制造出灵符炮，意思是集合神族全部晶灵力量于晶灵炮上，只要加上特殊的滤镜便可将两地的晶灵力量混合起来，产生出来的威力比亚迪爱版号的晶灵炮强大数十倍。
一切决定后安洛先行返回神族把晶灵石收集，而那爱则前去准备晶灵炮的改造程序，此时斯洛家里仍担心着一件事，就是制造特殊滤镜的材料思维里吧矿数量不足，在异族全土找寻后仍未有发现。听到斯洛家里对矿石的形容后，沈培尔似乎有所发现，就在众人打算离开巢穴之时，沈培尔提议前去一个地方找寻思维里吧矿，而位置就在神族，虽然未确定是否所需矿石，但陈博涵等人亦决定前去一看。
一行人乘坐亚迪爱版号利用正圆之桥返回神族大陆，抵步后陈博涵便向沈培尔查问思维里吧矿的位置，而答案就是修拿安村附近的古里苏鲁。进入古里苏鲁后一直前行来到休息位置，众人谈话期间沈培尔提及童年时在此处发现的星之碎片，及后为了令迪美露明白事件的一切，魏忠珩便将过去的事告知，当年他们在禁止之下到来这里游玩，最后误把魔物的封印解开，令修拿安村被魔物袭击而受到极严重的破坏。但沈培尔这时说出，其实她当日早已知道魔物封印的事，只是由于太想得到星之碎片，所以做出这种任性的行为，最终更令村民被杀，因此她非常内疚，后来得到陈博涵和魏忠珩的鼓励才回过精神来。
继续前行进入古里苏鲁地下，不久，魏忠珩发现洞内的确存在斯洛家里所讲的矿石，但由于该位置的矿石纯度不足，决定往更深处进发。前行不远，水之大晶灵迪温妮突然从晶灵石中走出，原来它特意前来通知陈博涵等人在洞窑内使用晶灵术时要加倍小心，因为思维里吧矿有将晶灵力量增幅和减少的作用。待迪温妮消失后便继续前行。
一直经过无数洞穴后到达巨大石门前，此时光之大晶灵穆尼突然从晶灵石中走出，它说出门上图案是代表着世华度，意思既是说这里便是破坏神特里尼封印之地，为了证明陈博涵等人的实力，穆尼决定再次以战斗来考验众人。
取得胜利后光晶灵终于答应借出它的力量，之后走入石门之内的房间，发觉结晶石散落在地上，经魏忠珩查证后确定这种就是思维里吧的结晶。取得结晶石后，陈博涵向魏忠珩问及当日令封印解除的事，虽然魏忠珩未找到封印被解的理由，然而他不相信小孩子可以如此容易将它解开。就在众人打算离开之时，迪美露头上的晶石闪出光线，接着一连串说出听不懂的方言，之后更不断有黑气入侵她的身体，看见情况不妙，魏忠珩召唤出光晶灵穆尼，借助它的力量将刚才的黑气驱散掉。可是当穆尼消失后黑气再次出现，众人只好立将迪美露带离矿洞。
来到沈培尔的家中，陈博涵众人正在谈论刚才迪美露的事，估计是由于她身上有闇之极光术的能力，所以才会被特里尼的精神支配着，而魏忠珩从斯洛家里口中曾听到，陆基斯用迪美露的身体来进行极光术的研究，随后更估计陆基斯亦是同样情况下被破坏神支配。为了不想令迪美露伤心，众人决定暂时将此事隐瞒，然而迪美露已听到刚才的对话，她决定 继续跟随陈博涵等人前去阻止大陆冲击事件的发生。不管怎样也好，还是首先将思维里吧矿送到斯洛家里手中，而位置就在泥巴路城内的庭园。
乘坐亚迪爱版号经正圆之桥返回大陆，然后来到泥巴路城的灵符炮改造场所，似乎工程进行得非常顺利，从陈博涵等人手中拿到思维里吧矿后，斯洛家里将矿石交给台长莫斯左准备特殊镜片的加工程序，那爱提议众人先去休息，估计明日便可发射灵符炮，但这时斯洛家里却请求众人将他带返世华度观测所，因为有点事情需要回去查看清楚，再次使用正圆之桥来到斯匹奥界面，进入世华度观测所后斯洛家里独自前往观测室去，德查亦到来催促各人返回船上。
就在准备启航之时，魏忠珩却说希望留下多一点事件，因为他打算前去协助斯洛家里，其后迪美露亦跟随离去，而其余各人留在船上检查机械。回看灵符炮那边，那爱和安洛正在监督改造工程的进行，二人谈话间那爱不断提及领袖柯霍，那爱似乎很仰慕他。另一方面，亚迪爱版号的机房中，德查正在检查引擎的运作，怎料竟发现一条动物的毛发附在机械上，她一向最讨厌小动物，不断责骂之际突然听到动物的叫声，到处查看后竟发现奇域古躲藏在机械之内，后来更在机械室内乱跑，由于捉拿不到奇域古，德查激动至哭起来。
而在观测室内，魏忠珩正在协助斯洛家里进行研究的工作，结果发现两大陆的距离已逐步接近，再继续下去由于两大陆的引力关系，接近的速度会不断递增，到那时即使将陆基斯击败，亦不能制止大陆冲击事件发生。这时迪美露到来，而斯洛家里则前去稍作休息。在观测室中只留下魏忠珩和迪美露二人，眺望远处天空的景象，一切事仿似只是梦境般，另一方面，船上展望室中沈培尔和陈博涵谈及十年前发生的事虽然双方没有亲口说出，然而互相已把对方当作最重要的人。
大晶灵们亦已作好最终一战的准备，为了人类和生存在亚尼大爱世界的一切，必会尽全力一战。来到亚迪爱版号的操舵室，众人准备好后便立即出发，从世华度环的缺口进入，目的地就是中央黑体位置的陆基斯城。灵符炮改方面，工程已接近完成的阶段。当陈博涵等人接近黑体位置时，地面撒谎能够的灵符炮发射出强大的一击，正好击在黑体之上，黑体被轰击至碎裂开来，而敌人的正体亦出现在众人眼前。
终于来到了陆基斯藏身之城，最终之战而近在咫尺。陆基斯城本身可以分为两部分，第一部分是跟时之大晶灵适度根基立下契约和取得各项宝箱的上篇。而第二部则是前往陆基斯之处作最后一战的下篇。不过在这个斯匹奥界面篇中，还有数之不尽的大小事件未完成，如跟元之大晶灵立契约，取得海底宝剑DS和改造亚迪爱版号成为第三阶段等，所以建议应折返前往那些地点。不过在陆基斯城中，除了时晶灵外还可以取得改造亚迪爱版号的闇之球，所以有必要先进入第一部分才离开。
离开陆基斯城，往其他的地方走走，当来到神族的海底GSP43，5位置时发现一艘沉没船，进入船内四处查看后发觉其中一间房似乎有人仍在居住，之后在船长室发现船长的航海日记，而在最后一页印上大海贼的印记，因此被怀疑此船是否曾被大海贼夺利费安袭击，然而德查仍然矜持她的祖先跟这艘船的沉没其无关系。来到较下层的房间内竟发现一条美人鱼，德查这时阻止各人听取美人鱼的歌声，因为德查看过曾祖父的日记，知道歌声会诱惑乘客，令他们长眠于海底中。美人鱼随后向众人展开攻击，成功将它击倒后，可吩咐美人鱼把大海中的死者及它自己的亡魂解放。这时众人才真正相信沉船的事件跟海贼无关。
陈博涵一行人来到斯洛或教会的教坛之上，调查神像后世华度匙竟发出共鸣，并出现一条地道，听神父说这说不定是命运的安排。原来地道直通一个古神殿，在最深处遇见了元素大晶灵尔维斯姑妈，请求它借出力量却要试验众人的力量，成功胜出后便得到其力量，但由于年事已高的关系，在进入晶灵石时竟走错方向，令众人怀疑这位高位晶灵的能力。