十一个战胜国――美国、英国、法国、中国、苏联、荷兰、加拿大、新西兰、澳大利亚、印度、菲律宾的国旗像森林一样竖立在审判席上。***各国的法官和检察官代表公理和和平，肩并着肩坐在一起。中国法官梅汝王敖博士威严地坐在审判席中间，他的右边是国际军事法庭庭长、澳大利亚的韦勃爵士，左侧是苏联法官叶阳诺夫将军。
法律是公道和人道的。每一名战犯都有两名不同国籍的辩护律师，一个是日本人，另一个是美国人。美国人操纵了这次审判。
审判一开始，中国的法官们就遇到了困难。坐在审判席上的十一个**官意见并不一致。出席远东国际军事法庭的中国检察官席顾问倪征日奥先生回顾说：“那时美国妄图复活日本军国主义，蓄意袒护日本战犯。他们认为除了偷袭珍珠港的东条英机等人要判处死刑外，其他都应从宽落。几十个美国律师在法庭上和我们捣乱。”铁肩上担着人间道义和民族希冀的中国法官们，处在内外交困、束手无策的境地。蒋介石为了动内战，完全依附于美国，提出了对日本战犯应该“以德报怨”，应该“优惠”，应该扬中华民族的恕道精神。作为法庭证人的国民党军政部次长秦德纯在出庭作证时，只会讲“日本兵在中国杀人放火，无恶不作”之类的空话，被各国法官当作笑话，有人要把他拉下台去！苦难的中国！中国的苦难太多了！松井石根在巢鸭监狱中和鼓吹“大东亚共荣圈”的神经失常的大川周明关押在一间牢房。他教大川有关汉诗的启蒙知识，还高兴地朗诵了攻占南京后他作的一七绝：
悬军奉节半星霜，圣业未成战血腥；何貌生还老瘦骨，残骸誓欲报英灵。松井石根认为他的“大东亚共荣圈”的“圣业未成”，他也感到了他的两手沾满了“血腥”。他在牢房的墙上挂了一幅观音画像，每天早晚在像前合十礼拜，然后诵读《般若心经》和《观音经》。松井石根放下了屠刀，捧起佛经，他想立地成佛。
中国的法官们没有松井石根这样的清闲。他们日夜焦虑着。东京帝国饭店的一间客房里，举行了数不清的会议。中国的法官和检察官，还有秘书、翻译一次又一次地计议。他们抱定了一个决心：如果侵略我国的主要日本战犯得不到严惩，就无脸见江东父老，就一齐跳海自杀！他们仔细研究英、美的法律程序，据理力争。又调阅了盟国的大量档案材料，从中搜寻证据。在茫茫的大海中，他们找到了一根又一根可以刺死战犯的钢针！一件日本军部给战区司令长官的“最机密”的命令：“兵士们把他们对中国士兵和平民的残酷行为说出来是不对的。”还有一件是苏联红军在缴获德国外交部机密档案库时，现了纳粹德国驻南京大使馆给德国外交部的关于侵占南京的日军暴行的一个秘密电报。在描述了日军在南京屠杀、强奸、放火、抢劫的普遍况后，电报结尾是：“犯罪的不是这个日本人，或者那个日本人，而是整个日本皇军――它是一部正在开动的野兽的机器。”因为它来自法西斯阵营的内部，各国的法官们对它给予很高的作证评价。
法庭需要详尽、具体和大量的人证和物证。这是雪国耻、报深仇的时机！中国检察官的席秘书、三十三岁的裘绍恒向法庭提出了实地调查的请求。他说：“我当时不是国民党，也不是**，我只想到我是一个中国人，是一个律师，我要维护民族气节和法律的尊严，我要依法办事。”他带了两个美国人来到南京，和地方法院配合，取得了大量实证。最后，他还带走了大屠杀的幸存者伍长德和金陵大学的一个美籍教授。
一九四六年四月二十九日，干瘦而矮小的松井石根，失去了当年骑着高头大马侵入南京时的那种武威。他低着头，在高个子的盟军宪兵的押送下，与其它甲级战犯一起站在被告席上，接受检察官的起诉。
起诉书包括三类一共五十五项罪状。与松井石根有关的达三十八项。回到狱中，他反复读了几遍，在这一天的《狱中日志》上，他写了这样的话：