这两项改革推行中，军事改革开始了。首先就是精简军队的人数。部队开始精简，合并。正规军增为20万人，分为北府军和南府军，和新军。北府军10万人，南府军6万人，新军4万人。取消戍军，戍军和治安军合并，编制十万人。精锐戍军升级为正规军，扩大预备役编制，编制三十万人，所有经过正规训练的18岁到28岁的丁壮，都要编成预备役，称为府兵。
正规军，新军有皇帝直接统御，
编制为炮兵一旅5000人，陆续配齐火炮100门，大口径迫击炮100门，小口径迫击炮300门。由于老式火炮射程较短，炮兵会时刻受到步、骑、弓弩兵的威胁，因此炮兵也配备牛皮软甲，以及横刀，不会射箭的配手弩，会射箭的自选弓，各配一套。炮兵一旅，实际是个教导队，作为炮兵的首建制部队。部队配双驮马车500辆，驮马3000匹，用于运输火炮和弹药武器。
火枪一旅5000人，陆续配齐抬枪300部，火铳4000支，配牛皮轻甲，横刀，手弩，善射者可自选弓箭，配双驮马马车500辆，驮马2000匹，用于运输弹药和辎重。
铁毅下大力气，准备将火器装备部队，现在火器的弱点太多，但只要持续改进，播下种子，迟早要发挥大作用。
重甲骑兵一旅，5000人，人马皆批重甲，配备铁矛、马刀、连弩或强弓。
轻骑兵两旅10000人，配冲压铁甲，内衬软甲，配备马刀、连弩或强弓。
重甲步兵两旅10000人，配陌刀，长枪，橹盾和圆盾，配手榴弹五枚。配驮马5000匹。
卫士千人，配轻甲，装备自选。全部步骑射皆精。配战马千匹。
侦察兵千人，武器自选，不但要步、骑、射，皆精，还要会使用火炮，总之就是一支军中之军的精英们组成，相当于后世的特种兵。要什么都给配备。
轻步兵三千人，配轻甲，装备自选。精通山地作战和城市巷战。
这新军全部由铁毅亲训，训练大纲也是铁毅编写。人员都是从各野战部队，调出的精英分子，还有军事院校里调的，以及部分勋贵子弟中的皎皎者。不但军事技术要过硬，而且政治上也要求绝对过硬，政治上有瑕疵的，是绝对没有机会进来的。这支部队，就是全军的教导队。
南北府军，组成十六卫军，主官都是正三品大员，分为，十六军，32旅，每旅五千人。轮流戍边或者戍京。
北府军十万人，轻骑3万，重步兵1万，轻步兵2万5，弓弩兵3万，水师五千。
南府军六万人，水师2万，重步兵5千，轻步兵1万5，弓弩兵1万5，轻骑五千。
治安军十万人，轻骑3万，轻步兵4万，弓弩兵2万，水师5千。
预备役30万人，骑兵预备役8万人，步兵预备役12万人，弩兵预备役6万人，水师预备役部队4万人。
正规军全年训练和作战，发全饷。治安军全年训练和执行任务，发全饷。预备役部队，每年农闲时训练三个月，发三个月饷。
从部队调整的结构，可以看出，铁毅是职业军人为主，结合部分义务军人，算是古代兵役制度的一种改革。从兵种配备来看，部队发展的重点是新军、骑兵、以及水师，步兵的比例越来越小。从弓弩的配备来说，铁毅加大了弓弩兵的数量比例，骑射成了骑兵必修课，职业军人，几乎全部要求会用弩。
弩的大量配备，还是很必要的，弩虽然有它固有的缺点，那就是射速慢，火力持续性短，但弩的优势也很明显，那就是射击距离长，训练周期短。特别是对于农耕民族，会用弓箭的人少，所以，弩的优势就更明显了。因为，一个合格的弩手，可能三个月就出成绩了，而弓手却需要1年或者数年。在冷兵器时代，秦国横扫六国，靠的就是铁质兵器和弩的普及，而汉军步兵，在面对游牧民族时，能取得胜利，靠的也是弩。
铁毅这次，大规模精简整编，还并行了两种政策，就是军政分开和武散官制度，不再沿用古时的刺史制度，刺史权利太大了，手里又控制钱粮，还控制军队，这是很可怕的事情。所以，铁毅才把军队直属化，封疆大吏们，不再能直接指挥军队。军队分成若干个集团，军官和部队，都会调防，设武散官，三品以上，在军队有很大影响的军官，大都被留在了身边，战时，才会将这些将军们撒出去，影响力不大的军官，掌握实权，而影响力大的军官，得有皇帝授权，组建兵团。这大大加强了中央集权。
至于军政分开反应慢的弊端，铁毅就采用军校生，培养只效忠于国家和皇帝的基层军官来解决。
府军每年要有两卫军队，也就是两万人戍京，其余十四万人，则分散驻防戍边。治安军则根据，所在地域军事紧张程度，和治安情况，以及人口多少来分配。分为两个等级四种标准布置，比如，河东道，大晋的第一块地盘，治安情况良好，而且帝都在晋阳，有数万大军压着，那就是最低标准的治安军布置，根据各县的人口，只在县一级少量驻军，河东道，总人口有132万余人，却只驻有6000余治安军。
河南道，地处国土中心区域，如果有事，四面都是军队，而治安情况稍差的地区，都有府军驻防，因此，虽然有200余万人口，也只驻有1万4000多治安军。
而河北道大片是新占地区，北面又少数民族时常寇边，东面又有三个心怀鬼胎的属国，而且治安情况也不好，也是200余万人口，却驻有治安军4万余人。关内和淮南，虽然边境不太平，但内部治安较好，而且有强兵坐镇，因此，就分驻有1万人和1万一千人，而塞北区，治安不太好，还有寇边小族，人口才36万多人，就驻有上万治安军，塞北和河北，部队就驻到了乡一级。而各道根据情况，都在中心区留了治安预备队。兵种配备比例也不同，骑兵几乎在关内、塞北区和河北驻守，而水军都在淮南，北方善射之兵多，所以弓兵比例就大，南面自然弩兵比例多些。预备役也同样，北方的骑兵预备役多，南方的水军预备役多。