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人皇轩辕果然如妖师鲲鹏所言那样，广成子等阐教诸仙的鼓动下对黎部落展开了围杀，不过黎部落提前得到了精卫与悟道的通知，早已离开了原先的居住地，让轩辕大军扑了个空，轩辕无奈之下也只能下令人族其他部落不要与黎部落断绝一切往来，这使得黎部落逐渐脱离了人族。
轩辕统一人族之后，除了迫害黎部落之外，其它方面做得还算可以，他的元妃螺祖十分贤惠，创造出了种桑养蚕，抽丝编绢之术，她的辅助下轩辕渐渐取得了人族的认同。不过到了晚期，轩辕因自身杀伐过重一直没能功德圆满，成就人皇大道。这时他心不由地焦急万分，广成子身为人皇之师也是万分着急，人皇一日不证道他就不能分得人皇之功德，可惜他并不知道由于自己的过错，即使轩辕成就人皇之道他也得不到多少功德。
广成子几经思之后终于想出了一个让轩辕快速证得人皇大道之法，也就是采阴补阳双修**，轩辕也正苦恼自己不知何时能证得大道，得到广成子的双修**之后，广聚天下美女，终采女元阴而成仙，证得人皇之道，于是后世就有了轩辕御女而成仙之说。
轩辕功德圆满证得人皇大道，可惜他自身杀孽过重，又采女元阴损及自身功德，虽然有天道庇护证得大道，但他损伤功德太多，人间的威望远不能与天皇伏羲、地皇神农相比，他证道之时诸圣之也只有人教教主太上老君与阐教教主元始天尊前来观礼，其他诸圣都觉得轩辕对自己传道没有太大作用，而且看他人族的处事方式，并没有什么太大的作为，所以没有前去观礼，鲲鹏为人族圣师本应前往，但他几次劝告轩辕无果，心也是气愤并没有前往。伏羲与神农为人皇自当前往观礼，看着轩辕，神农心十分自责，是自己没有选好继承人才导致了人族遭受如此巨大的损失。
如此以来轩辕证道也是三皇之观礼为简陋的，太上老君为人教教主，名义上人皇归他所管辖，所以他不得不来观礼，元始天尊则是轩辕的师祖也不得不前来观礼。
轩辕功德圆满天降功德，让元始天尊与太上老君感到震惊的是，他所得之功德与天皇伏羲、地皇神农相比相差太大，也仅仅将自身修为提升到了大罗金仙后期，而人皇之师广成子则只得了一小缕的功德，这还是因为他是人皇的结果，否则恐怕这些功德只能让他有金仙后期的修为，这样的结果让元始天尊与太上老君感到不可思意。
元始天尊疑惑向太上老君问道：“大师兄，为何轩辕身为人皇所得功德会如此之小，与伏羲、神农相比这差距也太大了些？”
太上老君沉思片刻，说道：“天意如刀，天道至公，轩辕虽为天道所眷顾，但他继位之后，对人族并没有太大的贡献，唯一的功德也只是统一了人族，可这个过程他所遭成的杀孽过重，之后为了证道又采女元阴大伤天和，如果不是他的元妃螺祖有大功德为他洗去了不少的杀孽，那么以他的所作所为恐怕也只能有金仙的修为，你再想想天皇伏羲、地皇神农，他们二人那一位不是为人族展做出了重大的贡献，轩辕的行为与他们相比有着天地之差。”
三皇之以轩辕的私心重，功德圆满之时将人皇之位传给了自己的孙子颛顼，由此三皇时代结束，洪荒进入五帝的时代。
轩辕虽然功德圆满成就人皇大道，但阐教辅助轩辕的结果却是十分失败，这让洪荒所有大神通者看了笑话，阐教的脸面丢。
颛顼继位之后，元始天尊以惩罚为名，再次让广成子辅助颛顼，元始天尊的此举，再次让阐教暗波涛汹涌，不但是燃灯对元始天尊不满，就连慈航道人、普贤真人、殊广法天尊、惧留孙他们四人也对元始天尊如此偏爱广成子有所不满，也正是因此后来的封神大劫他们四人跟随燃灯一起叛教加入佛教。
颛顼继位听从广成子的鼓惑进行了一次宗教改革，传令人族所有部落禁制信奉巫教，所有巫师不得参拜鬼神。颛顼想通过此举彻底禁绝巫教，强令人族听从他的安排，可以说颛顼的性格完全与轩辕相同，都是急功力，不顾姓的感受，所以颛顼继位后，人族好不容易稳定下来的生活又开始动荡起伏。
轩辕位之时被迫迁移的黎部落，得知颛顼这一举动后，又开始行动起来，到处拉拢反对颛顼的部落及人员，随着黎部落的再次出现，人族许多部落也开始对颛顼的命令是阴奉阳违，完全不将其当回事。
颛顼的皇位不比当年轩辕，轩辕受天道所眷顾，得诸圣认可，而颛顼的继位也只有人、阐两教圣人认可，广成子得知人族的**之后没有吸取上次的教训，反而再次拿出当年的方法，以武力镇压人族那些不听命令的部落，这使黎部落迅速地壮大起来。
此时黎部落以大巫凤为，壮大后的黎部落兵锋直指颛顼，此时人族之只有广成子一人辅助颛顼，而人族军自轩辕战胜蚩尤之后便有些散漫，而黎部落自蚩尤被封印后，一直是卧薪尝胆苦练兵马，可谓是兵强马壮，双方一交兵颛顼大军便是一败涂地。
五帝不比三皇，所以元始天尊并不太意颛顼与凤之间的争斗，没有强令门下弟子前去相助广成子，只是让他们随意而为。元始天尊之所以这么做是想让广成子多锻炼一番，免得日后再闹出上次那样丢阐教颜面的事。
燃灯、慈航道人、殊广法天尊、普贤真人、惧留孙他们五人对元始天尊心存不满自然不会前去相助广成子，而是以闭关修炼的名义暗看广成子如何出丑。十二金仙也只有黄龙真人、太乙真人、赤精子与广成子交好前去相助，其他人都不愿意沾染因果。
仅凭他们四人却难以奈何，有凤所率领的黎大军，于是广成子想出了一个十分恶毒的计策，让颛顼假意与凤结合，合并双方的部落花流水，以大婚的名义来降低大巫凤的警惕性，好趁机杀死凤，凤一死黎部落自然会人心大乱，颛顼再趁机率领大军一举歼灭黎部落。
凤经上次之战明白人族大兴乃是天道大势逆不得，听取颛顼的信使之后，便于黎部落的众巫商量，也许是大家脱离人族太久，民心思归，所以大多数人都觉得两下合并是一个不错的决定，于是凤便同意了颛顼的提意。
得到了凤的回付后，广成子等人是大为高兴，终于有机会可一举消灭黎部落，这可是广成子的一块心病，而颛顼继位之后也一直想完成轩辕所没完成的任务，于是广成子、赤精子、黄龙真人、太乙真人四人便开始布置一切，静等凤自投落网。
三皇归位之后，诸圣也失去了对人族观注的兴趣，也只有鲲鹏还继续观注着人族的一举一动，凤的反应让鲲鹏感到十分可笑，现他们双方可谓是仇深似海，轩辕斩杀了大巫蚩尤从而取得人皇之位，而颛顼则是轩辕之孙，又怎么会娶凤这样一位大巫呢，何况他身边还有广成子这一位人皇之师，这一切明显是一个陷井，可偏偏凤及黎部落相信了颛顼的提意。
鲲鹏的五位弟子当要属后羿为关心黎部落，他得知此事后，便向前往黎部落提醒凤，不要被广成子所骗。
鲲鹏见状阻止了后羿的行动，然后说道：“后羿，此为人族内部纷争，无论结果如何，你都不能出手干涉，你虽然转世为人，但却与妖族的因果却没有了结，你一旦暴露了自己的身份，那么你将面临当年妖族太子陆压的追杀。无论怎么说为师都是妖族人，是不能出手阻挡陆压找你寻仇，而以你现的修为遇到陆压那是有死无生，所以为师劝你还是这蓬莱岛上静心修炼为好。”
后羿说道：“老师，现人族大兴，妖族都纷纷避世不出，我只能前去通知凤，应该不会被妖族现？”
鲲鹏叹道：“后羿，你是关心则乱，为师曾对你说过此劫人、妖、巫三族皆劫，现表面上看是妖族闭门不出，实际上妖族的内部也是浪潮汹涌，用不了多久妖族就会出世，那时洪荒将会大乱，也是你们出世赚取功德的佳时机，现你还是安稳地待蓬莱岛上为妙。现人族之也只有广成子、赤精子、黄龙真人与太乙真人四位金仙，以凤的修为就算是被他们伏击，也不会有生命危险。”
听了鲲鹏这番话后，后羿也总算放心的不安，放弃前去黎部落的念想，安心地蓬莱仙岛上修炼。