接近3月以何进为大将军
率领左右羽林五营军士屯于都亭，整点武器，镇守皇都
又以自函谷关、大谷、广城、伊阙、轘辕、旋门、孟津、小平津等各皇都关口，设置都尉驻防;又下诏各地严防，命各州郡府作战黄巾、日夜训练士兵、整点武器、召集义军。
而另一方面最早期发精兵镇压各地主力黄巾乱事的朝廷军队:
在卢植领着副将宗员率领北军五校士一直负责以北战线，与张角主力周旋;大大小小数十战，死伤无数，双方都有败有胜，一时之间谁也奈何不了谁、
而皇甫嵩及朱儁各领一军、
控制五校、三河骑士及刚刚招募来的精兵勇士共四万多人
在颍川一带平反黄巾军，开始汉庭还可打的黄巾军节节败退，久而久之，黄巾越战越勇，与汉军交战不分平色，甚至有时还小胜。
朱儁上表下的孙坚为佐军司马更是表现出色，带领着同乡里青状年千余人、期间招募近万人，在孙坚有勇有谋带领下，连破几城，杀得黄巾落方而逃，收降过万黄巾，几次战下孙坚部队越发越大。
孙坚十分英勇，数次遇上黄巾军大部队都让孙坚以少胜多杀得黄巾片甲不留，一路杀去与朱儁军连军，对抗在颍川的黄巾主力。
而这个时候却传出黄巾军张曼成攻杀入南阳太守秦颉郡守褚贡阵亡，守兵阵亡近万，南阳大部地域被黄巾占领。
消息传出后、、、汉庭将领十分忧心。
一时间，各大黄巾士气大涨这是黄巾军起义后首次拿下主要城池，南阳的失守，给了朱儁镇守的颍川和洛阳镇守的朝廷军队非常大压，不敢随意调动军队，深怕南阳黄巾突袭洛阳。
如果南阳黄巾张曼成连接颍川黄巾的话，朱儁与孙坚镇守的颍川一带就比较危险了、如果朱儁与孙坚失败，朝廷军队就只有皇甫嵩在颍川另一边，就难以独守，颍川在落在黄巾手里，帝都就更危险了。
到时候张曼成、波才等黄巾主要将领就会带领黄巾迎合张角，一举包围洛阳，到时候大汉朝廷就万分危险了。
直至4月，朱儁军终于被黄巾波才所败而撤退，撤到长社。
朱儁找到皇甫嵩相量，为了不被各个唯有与他一起进驻长社防守。
而波才率众黄巾军大军围城，皇甫嵩和朱儁加起来的汉军都没有黄巾多，汉军士气低落。
这时候又传来汝南黄巾军在邵陵打败太守赵谦，广阳黄巾军杀死幽州刺史郭勋及太守刘卫，黄巾军一时气势高涨，并未因汉室的各洲郡参战动作而有败退的迹象。
5月初，皇都见皇甫嵩被围。
而这时候招兵买马的曹操已经招募差不多了，事情又比较紧急，皇帝派曹操率军救援。不过援军还未来到时。
皇甫嵩和朱儁想到一计，在傍晚时分吹起大风，皇甫嵩命士兵偷偷出城，到了敌军营，点亮火把，利用黄巾军营寨周围的杂草，用火烧敌人军营，大呼进攻，城上亦举出火把来应响，皇甫嵩以鼓助战，冲入敌阵，黄巾军大乱，四处奔走，而波才一路被皇甫嵩派兵追杀着。
又遇上正好来支援的曹操，这时候黄巾军，被皇甫嵩、朱儁和曹操三面夹击，斩杀数万人，汉军大获全胜。
6月，皇甫嵩命曹操与孙坚为左右先锋，带领军士前去与张曼成战斗，而皇甫嵩和朱儁留守阵地，经过几天的较量，最终斩杀了张曼成，黄巾见主帅已死，毫无战意纷纷逃跑。
张曼成死后，这一带黄巾军便改以韩忠为帅，（书上记载，张曼成死后是赵弘统帅的，但是我个人比较喜欢赵弘，所以不忍他身亡，改了下，原谅我的自私）带领以十多万黄巾转去占据宛城，修生养息，等待张角指示。
留下除了守城将领，
这时候皇甫嵩与朱儁军发兵进击汝南、陈国的黄巾、、
被皇甫嵩派兵追击的波才一直逃到阳翟，最后在西华被汉庭彭脱袭击大败，想带领剩下黄巾、与同样落败逃到宛城张曼成部下的黄巾集合、
但皇甫嵩派孙坚带领大部队先前去宛城围城，经过十来天朱儁和曹操先后带着援兵前来，孙坚登城先入，杀进城池，众人蚁附般推进，大破敌军，最终成功讨平豫州一带的黄巾军，但是黄巾主要将领还是逃跑了。
而另一方面，卢植数战间大破张角，大伤斩杀万多人，小伤几千，而数天后张角，收到消息豫州黄巾全败，个别将领逃出，黄巾士兵要么死要么投降了。
张角无奈，自己这边也被卢植打得节节败退、唯有撤到广宗。
卢植一路追击张角至广宗，而张角进了广宗城后，下令紧闭所有城门，关注一切朝廷军队消息。
卢植下令围城，城外扎营，广造建筑拦挡、挖掘壕沟，制造云梯，云梯建成将可攻下城池。
这段时间正值灵帝派左丰视察军情，奉旨视察的左丰高高在上，处处刁难卢植将士，但是皇帝派来的，也没人敢于左丰发难。
有人劝卢植贿赂左丰，但卢植不肯，左丰回帝都便向汉灵帝诬告卢植围而不攻作战不力。
灵帝大怒，下令捉拿卢植，用囚车关卢植回皇都，关进大牢。
下诏再重新调整:皇甫嵩率众北上东郡
而朱隽则去南阳平残余黄巾、、
而派董卓领军代替卢植。
另一边朱儁领兵与荆州刺史徐璆及秦颉集合共一万八千兵围攻另一边黄巾，从6月至8月也不能攻克，皇帝见朱儁迟迟不能攻破、奸臣推动、皇都有奏议徵朱儁回师，幸而张温上表说情，灵帝才放过朱儁。
但朱儁仍急攻黄巾，最后黄巾首领被杀，由其他人顶上代替。
朱儁又因兵少不敌，担忧攻城时、反被黄巾偷袭、便扩大防围、建筑阵垒，堆砌土山观望城内。
待一切准备完毕。
朱儁军鸣鼓攻打西南，黄巾军被引开，朱儁则亲率五千精兵掩杀东北，偷袭敌人后方，攻入城池，黄巾唯有退保内城、出入不得、像是等待被围捉的野兽。
几天后、
黄巾军受挫，士气低迷，过些时日待粮食吃尽、就不知如何是好了。
最终、向汉军乞降。
张超、徐璆和秦颉等副将都认为可以接受，但朱儁认为如接受的话，会给百姓有利为贼，无利乞降的错误观念，便不接受并打算急攻敌军破入砍杀。
可是数战也不能攻克，朱儁登上土山观望黄巾军，黄巾明白没有退路，汉军不接受他们的投降、反而激起尽力一战，所以造成朱儁迟迟未能攻克。
最后朱儁便解开围军，黄巾果然出战，被朱儁大破，朱儁向北追击黄巾数十里，斩杀黄巾万多人。
黄巾再次投降，秦颉一向与黄巾首领不和，便将他杀死。这举动反令黄巾军不安，又推孙夏为帅、拼命反抗、最终屯兵宛中城。