昏迷中的水无怜奈，成了黑衣组织解救的目标。
赤井秀一发现风吹草动联系吉良吉影一起应对。
吉良吉影发现水无怜奈假昏。
水无怜奈的弟弟在寻找水无怜奈，被吉良吉影抓住，以此威胁水无怜奈说出酒厂的位置。
水无怜奈在被威胁着说出了自己是CIA成员的事情。但是她决定配FBI演一出戏让她成功重新回到酒厂。
吉良吉影认为琴酒不是一个傻子绝对会有后续。
已经想好了应对对策，以此让赤井秀一这个明面上的人转到暗面。
水无怜奈在酒厂这么多年从来没有真正获得信任，吉良吉影让她获得箭的力量。让她进入酒厂更深一层。
在自导自演后水无怜奈被酒厂成功救出。
不过琴酒信不过她，命令她联系赤井秀一，然后杀死他。
赤井秀一假死脱身，用冲矢昂这个化名住进了吉良吉影家隔壁。
贝尔摩德向Boss传达了吉良吉影的见面条件。
需要杀死从组织逃脱的沼渊己一郎。
但是在猎杀沼渊己一郎时遭到了组织埋伏，井野失去一只手臂。
酒厂Boss最后告知他就在鸟取县，让吉良吉影来寻找。
吉良吉影带着整个山上组进入鸟取县，中途山上组和酒厂发生冲突，不过也顺机找到了一些线索，确定了大体的位置。
公安方面，察觉到山上组和酒厂的冲突，让安室透前往鸟取县调查。
郎姆出场埋伏在毛利小五郎身边。他的能力是可以隔空传话（无视距离，指定人物），以及隐身。
吉良吉影在鸟取县遭到琴酒，伏特加，基安蒂，科伦的围剿。
在车内即将濒死的时候开始了第三炸弹败者食尘。不过形式是从空壳的腹部打开出现一个钟表，然后逆时针转动分针，倒退时间。
吉良吉影有倒退的这段时间的记忆，但是其他人没有。倒退时间为半个小时。
在在此期间，凡事攻击吉良吉影的都将被杀手皇后标记。
杀手皇后会自动为其挡下攻击。
基安蒂和科伦在琴酒和伏特加面前丧生。
吉良吉影带着田刚雄，井野，宫野志保，诚实，赤井秀一等。进入酒厂大本营。
安室透发现在毛利小五郎身边埋伏了一名酒厂的卧底，便去保护毛利小五郎。
但是郎姆的能力让安室透没有任何办法，郎姆要当着安室透的面杀死毛利小五郎，但是柯南以及毛利兰赶来，还是不敌郎姆，柯南昏迷，毛利兰被捆住。
贝尔摩德赶到救下毛利小五郎众人，利用女祭司的能力让郎姆坠楼。
郎姆制造了逃跑的痕迹，但是利用替身隐性等待毛利小五郎出现想趁机杀死他。
贝尔摩德回到大本营，发现BOSS知道是她袭击了郎姆，想要逃跑被乌丸莲耶的能力变成枯骨。
而毛利小五郎正要出门查看情况却被郎姆逮到，对毛利小五郎开枪，让安室透挡住，安室透以伤换命救下了毛利小五郎。
吉良吉影进入大本营，后众人被分散开。而潜伏完好获得替身能力的水无怜奈被琴酒发现是卧底，交给乌丸莲耶惩治，化为枯骨。
田刚雄和渡边春吉被分到一侧对付伏特加和另一个替身使者。
在两人合力打败哪一个替身使者后，伏特加在逆境里觉醒了新的能力。
将自己收到的伤害返还给领域内的一人。
田刚雄和渡边春吉被困在领域内，不断被袭击，身上已经破破烂烂。
田刚雄想起渡边妈妈对他的嘱咐，让他好好照顾她的孩子春吉。
为他挡下了所有伤害，还给了伏特加肺部一刀。
春吉也是拖着残破的身躯战胜了伏特加，伏特加再起不能。
另一边，琴酒的预言能力抵不过吉良吉影身上的强运，被杀手皇后变成灰烬。
众人在乌丸莲耶的房间里，见到如同孩童一般的乌丸莲耶。
乌丸莲耶的身体被替身箭贯穿。而替身箭的箭头从手掌出来。
他开始诉说自己要死的时候，服用了APTX4869但是没有任何效用，只是维持他的生命过了10年。在苟延残喘的时候本着快要死了不去享受，参加了一场拍卖会，买下了这把替身箭。
像是指引一般，他想用这把箭结束自己的生命，但是替身箭像是有了自主意识，刺中了他的手臂里面，卡在了手掌的位置。
他也就获得了替身的能力。
回溯（backtrack）
在一定范围内，食指指向的那个人，他的时间会呈现加法，而自己的时间会呈现减法。
他在箭的加持下可以随意操控时间，不论是单个个体的，还是整体，或者只影响整体，不影响个体。
但是他的身体承受不住时间洪流的威猛，他在寻找所有替身箭，他需要用箭的力量进化自己，让自己超脱人的范围。
吉良吉影来了，他身上带着红宝石之箭。
BOSS的力量让吉良吉影恐惧，他发动了第三炸弹败者食尘，试图杀死他。
乌丸莲耶回溯了他的时间，他的败者食尘失败了。乌丸莲耶知道，吉良吉影将是一个变数，直接指向吉良吉影，想要让时间洪流席卷他，让他化为枯骨。
诚实建立起自己与吉良吉影的纽扣，将时间洪流的威能引导向自己。
诚实瞬间化成枯骨，井野也是用能力将吉良吉影的负面效果抹平，代价是脱水成了枯骨。
渡边春吉被回溯化成枯骨，再起不能。
在压力，已经面对的无敌存在，吉良吉影发现藏在自己身体的另一个吉良吉影，原来他一直没有死，自己的身体里原本住着两个吉良吉影，一个第三部，一个第八部。结果在上次精神对抗中，吉良吉影用第八部的吉良吉影替死，自己则是埋伏了起来。
现在这个时候他出来想要抢夺身体，被吉良吉影用自己的精神力量杀死了第三部的吉良吉影。
同时他的死亡抵抗了时间流逝的力量。
在冲突中，宫野志保也明白吉良吉影胸前携带的红宝石虫箭的力量，想要牺牲自己获得可以对抗时间的力量。
在乌丸莲耶准备用时间洪流席卷在场所有人时，赤井秀一用他的替身将时间洪流的轨迹引向了他自己。
吉良吉影直接将红宝石虫箭插入了自己的心脏。
随着死亡来临，他觉醒了第四炸弹。
“最后再说一次！KillerQueen！”
随着这一声KillerQueen。
杀手皇后腹部打开，表盘开始不断地逆时针旋转，一切都在倒退，连同乌丸莲耶一样在倒退。
替身箭在倒退时化成飞灰。
而吉良吉影倒退的终点来到了最开始的街道，他呆呆的看着挂在天空的太阳。
“Kong！！”
时间长河，就在脚下，从那太阳中流淌下来，乌丸莲耶的灵魂不断在时间长河里哀吼，化成粉灰。
玩弄时间的人，会被时间惩罚。
吉良吉影眼前猛的变白，一切的一切都结束了。
他回到了那个冒险，一切就像什么也没有发生一样，但是那些记忆都是如此深刻。
他昏迷了过去。周围的人都在呼唤自己。
他只是呆呆的说，自己很好。没有事情。
直到他看到在远处，一个茶发姑娘，一身实验服，像是在寻找什么。