松井不服。***为了否定这许多事实，他要从根本上推翻“侵略”这个罪名。他在狱中写了《对检察官季楠之意见书》。季楠检查官在公判会的开头陈述中说：
“坐在这里的二十八名被告同希特勒之流携起手来，对民主主义国家计划、准备并动了大规模的侵略战争，结果，使几百万人丧失生命，资源遭到破坏，但是他们并不以此为满足，而要实现争霸世界的梦想……”松井石根辩护说：“西方帝国主义侵略东亚的战争同我日本进行的日清、日俄战争是本质上完全不同的两种战争……东洋日本与中国之抗争，一方面应视为两国人民自然展之冲突，同时亦可视两国国民思想之角逐。盖中国国民之思想，最近半世纪间明显受欧美民主思想与苏联共产思想之感化，致东洋固有思想（儒教、佛教）生显著变化，中国国内亦招致各种思想之混乱与纷争，乃至形成同日本民族纷争之原因。”关于南京大屠杀，他用一句话全盘否定：“季楠检察官所云对俘虏、一般人、妇女施以有组织且残忍之屠杀奸淫等，则纯系诬蔑。而超过军事上需要破坏房屋财产等指摘亦全为谎。”大日本帝国真厉害，连隔着太平洋的中国国民要接受一点民主思想他都不能允许。不但不允许，而且出动飞机、军舰和百万大军。松井石根也真霸道，中国国内各种思想的纷争，竟成了日本进攻中国的“原因”！法庭继续着控诉和辩论。被称为“日本通”的金陵大学美籍教授m？s贝德士站在证人席上，陈述着他目击的凄惨景：
“日军进城后的几天间，我家附近的马路上被他们射杀了无数平民，尸体比比皆是。
“一大群中国兵在城外就投降了，被解除了武装，三天后被日军的机枪扫射死了。
“我的朋友亲眼见到一个中国妇女被十七个日本兵**。九岁的女孩和七十六岁的老太太也被强奸了……”和中国检察官席秘书裘绍恒一起到南京调查的美军上校托马斯？h？莫罗向法庭提供了他精心收集到的八件宣誓证词。英国人皮特？罗伦斯和中国证人许传音、尚德义、梁廷芳、伍长德一一站到了证人席上。他们庄严地在法庭上宣誓：他们陈述的都是事实。
除了这许多证人，中国检察官还向法庭提供了美国的费吴生、史密斯和中国的鲁苏、陈瑞芳、孙永成、吴经才等十三人的宣誓证六十六件！松井石根一副懊丧、可怜和忏悔的神。这时候，他的良知似乎唤醒了一部分。他承认“士兵之罪，责在将帅”。他确实有些懊丧。攻占南京时，他曾对他的部队出过“整饬军纪与风纪”的训示，但他也出过“扬皇军武威”的命令。结果呢？正如他在一九三七年十二月十八日的“忠灵祭”上斥责部下时说的那样：“你们艰苦奋斗，振我皇威，可惜部分士兵之暴行，使皇威一举扫地。……”他忏悔了。“南京大屠杀”后，他被召回日本。夫人陪着他到伊豆的山淙淙园休息洗尘。他想起了他出征时随身带的一尊观音佛像。他是信佛的，他知道杀生是有罪的。他害怕天公谴责他的暴行。他决定用上海到南京一路上染血的泥土，建造一座陶土观音像。
双手合掌，眼神慈祥的三米多高的陶瓷观音像落成了。松井说：“这些泥土里也渗进了中国士兵的鲜血，人死后是不分敌我的。”松井石根为观音像写了一篇《兴亚观音缘起》的文章刻在观音的基石上：
中国事变，友邻相争，扫灭众多生命，实乃千古之惨事也。余拜大命，转战江南之野，所亡生灵无数，诚不堪痛惜之至。兹为吊慰此等亡灵，特采江南各地战场染彼鲜血之土，建此“施无畏者慈眼视众生观音菩萨”像，以此功德，普渡众生……
松井石根三十五岁与矶部文子结婚后，不知为什么，竟没有一子半女。他是否在向佛祖祈祷，保佑他来世多子多孙。
他害怕孤独。他最后的日子，只有一个女佣来巢鸭监狱看望他。他更心酸了，他认了这个女佣为他的养女。
他害怕地狱比监狱更孤独。他不愿死。他要为自己辩护，他也请辩护人为他辩护。松井石根的辩护人中有七八个都是他的部下，有些被法庭认为有同案的嫌疑。