曾驻南京附近的第九师团第三十六纵队长胁坂次郎大佐在宣誓证词中说：“松井大将常常训示部属要严守军纪风纪，宣抚爱护居民。***”审判席上的检查官提问了：
“被告松井石根，你见过国际委员会送交的日军暴行报告没有？”“见到过。”他说。
“你采取过什么行动？”“我出过一件整顿军纪的布告，贴在一座寺庙门口。”“你认为在浩大的南京城内，日军杀人如麻，每天有成千成万的男女被屠杀和强奸，你的这张布告会有什么效力吗？”松井石根无话可说了。他想了想，说：
“我还派了宪兵维持秩序。”“多少宪兵？”“记不清了，大约几十名。”“你认为在几万日军到处疯狂杀人、放火、强奸、抢劫的况下，这样少数的宪兵能起制止作用吗？”他低下了头，说了一句只有他自己听得见的话：“我想能够。”当证人证实当时南京只有十七名宪兵，而这些宪兵也参加了暴行的时候，松井石根一副窘态，他红着脸说不出话来了。
押回巢鸭监狱，松井又捧起了《观音经》，他进入了生死由天的境界。
一九四八年十一月十二日下午，在经过了两年半的漫漫长夜的审讯后，宣布了对战犯的刑罚。
松井石根光着头，他摘下了眼镜，在左右两名戴着“mp”臂章的宪兵监押下，笔直地站在审判席上接受判决：
被告松井石根据第1项、第27项、第29项、第31项、第32项、第35项、第36项、第54项和第55项罪状被起诉。
松井是日本陆军的高级军官，1922年晋级为大将。他在陆军中具有丰富的经验，其中，包括在关东军及参谋本部的服务在内。虽然他与设计和实行阴谋者有密切的联系，因此应认为他是知道阴谋者的目的和政策的；但是就向本法庭提出的证据来看，认定他是阴谋者是不合理的。
1927年和1928年时他在中国的军事职务，就其本身论，不能认为与实行侵略战争有关。为了要使根据罪状第27项判决他为有罪是合理的，那么作为检察方面的义务，就必须提出证据证明松井知道其战争性质的推论是合理的。但是检察方面并未曾如此做。
松井在1935年退役，于1937年因指挥上海派遣军而复返现役。接着，被任命为包括上海派遣军和第十军的华中方面军司令官。他率领这些军队，在1937年12月12日占领了南京市。
中**队在南京陷落前就撤退了，因此所占领的是无抵抗的都市。接着生的是日本陆军对无力的市民施行了长期持续的最恐怖的暴行。日本军人进行了大批屠杀、杀害个人、强奸、抢劫及放火。尽管日本籍的证人否认曾大规模进行残虐行为，但是各种国籍的、无可置疑的、可以凭信的中立证人的相反的证是绝对有力的。这种暗无天日的犯罪是从1937年12月12日占领南京市开始的，迄至1938年2月初还没有停止。在这六七个星期中，数以千计的妇女被强奸，10万以上的人被屠杀，无数的财产被抢劫与焚毁。当这些恐怖的突事件达到最**时，即12月17日，松井进南京城并曾停留了五至七天左右。根据他本身的观察和参谋的报告，他理应知道生了什么事。他自己承认曾从宪兵队和使、领馆人员处听说过他的军队有某种程度的非法行为。在南京的日本外交代表曾每天收到关于此类暴行的报告，他们并将这些事报告给东京。本法庭认为有充分证据证明松井知道生了什么样的事。对于这些恐怖行为，他置若罔闻，或没有采取任何有效办法来缓和它。在占领南京市以前，他确曾对他的军队下令要他们严肃行动，后来又曾出同样的命令。正像现在所知道的，这些命令并未生效，并且这在他也像是理所应知的。在为他的行动辩护时说，这是由于他生病的缘故。他的疾病并没有阻碍他指挥在其指挥下的作战行动。而对于这类暴行具有责任的军队又是属他指挥的。他是知道这类暴行的。他既有义务也有权力统制自己的军队和保护南京的不幸市民。由于他怠忽这些义务的履行，不能不认为他负有犯罪责任。